从艾滋病病毒进入人体起，人体就开始了同它的斗争。病毒在人体内的繁殖需要一定的时间，所以，艾滋病病毒感染者并不是从带有病毒的第一天就“病入膏肓”的。在开始阶段，感染者的免疫功能还没有受到严重的破坏，因而没有表现出明显的症状，我们把这样的人称为艾滋病病毒感染者。
　　艾滋病的潜伏期（指从感染HIV到出现艾滋病症状和体征的时间）一般为6个月～5年，亦有长达10余年者；艾滋病的窗口期（指从感染HIV到形成抗体所需时间）一般为5周左右。根据细胞免疫缺陷程度和临床表现的不同，一般将艾滋病分为以下三期。
　　（一）潜伏期
　　潜伏期是指从病毒侵入人体到出现疾病的临床症状和体征的一段时间。艾滋病的潜伏期的计算，是从与艾滋病病人发生性接触，或静脉输注含有艾滋病病毒的血液或血液制品，到出现疾病症状和体征的时间。此病潜伏期因人而异，比一般传染病长，为6个月到14年。由血液及血液制品传染的约4.5年，同性恋者约3年，平均约为6年。
　　（二）临床期
　　对具有艾滋病的某些全身性症状和体征，而尚未表现出机会性感染或肿瘤的病人，临床上称之为艾滋病相关综合症（ABC ），此病介于慢性淋巴结病与出现罕见癌症和严重感染的艾滋病之间。目前认为艾滋病相关综合症和慢性淋巴结病均是艾滋病前期。
　　艾滋病相关综合症患者有持续性淋巴结病和一定程度的T细胞功能缺陷及临床表现。这包括：（1）过敏反应迟缓；（2）粘膜损害（口腔白色念珠菌病）和皮肤病（皮肤单纯疮疹、带状疮疹及真菌病）；（3）持续时间超过5-6个月，数目在2个以上非腹股沟部位的淋巴结病；（ 4 ）体重减轻〉10％；（5）持续性腹泻；（6）发热体温超过38℃，持续3个月；（7）疲乏无力。（8）夜间盗汗等。至少有以上两种症状和两项艾滋病实验室检查异常，特别是T4数目下降和T4/T8抑制性T细胞比例倒置，HIV抗体检测阳性者可诊断为艾滋病相关综合症。一部分病人可能停留在此阶段，病情不再继续发展，而一部分病人则发展为严重的艾滋病。
　　( 三 ) 艾滋病
　　典型的艾滋病是人体感染HIV后发展的最终结果。HIV破坏机体的免疫防御系统致使一些本来可以控制的条件性致病菌侵入机体，而引起一些相应的疾病。此种条件性感染最后导致病人死亡。
　　艾滋病患者存在四种类型的临床表现：
　　（ 1 ）肺型：包括持续性干噪，既而呼吸困难、胸痛以及胸部 X 线检查肺部有弥漫性浸润。动脉血气分析，常伴有轻度低氧血症，组织病理检查有大量肺囊虫，支气管灌洗液或气管内膜活检中均可找到病原虫。在停止治疗后复发率高。此外军团菌、隐球菌、弓形体、类圆线虫、巨细胞病毒以及a-疱疹病毒Ⅰ型或Ⅱ型均可引起肺炎。大多数艾滋病人死于本病。
　　（ 2 ）中枢神经系统型：HIV具有嗜神经性，可侵犯神经系统，能感染脑、脊髓和周围神经细胞。中枢神经系统中的单核细胞和巨噬细胞是 HIV 的重要贮存细胞，可产生病毒，并不断侵犯其他的 T 淋巴细胞。使得中枢神经系统的症状与各种条件性感染引起的症状并存。较常见的神经障碍是亚急性脑炎（艾滋病脑病或痴呆综合症），临床上表现为疲乏无力、记忆力丧失、表情淡漠、共济失调、性欲减退等。疾病后期可发展为痴呆、意识不清、大小便失禁、部分瘫痪（偏瘫或截瘫）、有些病人甚至出现癫痫样发作。这些症状和体征可单独出现，也可与艾滋病的其它症状同时出现。
　　脑CT检查，无局灶性病变，但有双侧脑室扩大，脑活检或尸解为非特异性炎症，常伴有脱髓鞘病变，但找不到致病原。WHO提供的资料强调，HIV对神经系统的损害是HIV感染极其重要的一方面，可以形成急性，亚急性及慢性过程，对健康影响极大。
　　（ 3 ）胃肠型：主要表现为大量水样腹泻，每日15升，进行性体重下降20％-40％，严重者可出现营养不良。治疗无效，导致脱水死亡。
　　（ 4 ）发热原因不明型：因病原体感染，常出现持续性的体温升高（38-40℃），可延续几周以上，并出现盗汗。在有的病例的骨髓，淋巴结或肝活检标本中证实有乌枝杆菌细胞内感染。
　　艾滋病患者多数易患有各种皮肤粘膜感染；最常见的是口腔粘膜念珠菌病，表现为舌和颊粘膜上的白斑，常在红色基底上出现，这种感染无症状，也可播散到口咽或食道，引起严重的吞咽困难，常见的口腔粘膜感染是复发性单纯疱疹性口炎，病变常复发，长期持续，常见累及唇和咽。有文献报道，艾滋病的最初表现中有严重的慢性溃疡性肛门周围单纯疱疹病损，这种溃疡可能相当大，在病变的肠壁上可找到多核巨细胞或病毒，带状疱疹水痘皮疹在艾滋病患者的发生率也增高，带状疱疹常撒播到几个皮神经区；疣是另一种常见的皮肤病毒感染，同性恋者患艾滋病可发生大的肛门周围尖湿疣，此种病较顽固，治疗较困难。皮肤真菌感染是艾滋病人一种常见的问题，腹股沟和肛周的念珠菌感染有时很严重，由念珠菌或毛癣菌引起的甲癣也常见；某些非感染性皮肤病在艾滋病患者中也常见，有药瘾的艾滋病患者，可出现多发性瘢痕和反复注射引起的溃疡，也可见到紫癜。此外脂溢性皮炎在艾滋病病人中的发生也多见，在病人的头皮、面、耳、胸以及更多见于生殖器，表现为红斑样、角化过度的鳞屑斑。在面部通常呈蝶形分布，其病因至今还不明。同时还伴有恶性肿瘤的发生，如：卡波西氏肉瘤亚性淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌，基底细胞癌、色素瘤等